A primeira coisa que faremos é apurar o ICMS próprio, ou seja, aquele ICMS que o estabelecimento emissor da NF recolheria. No cálculo do ICMS ST, o ICMS próprio é mais conhecido como ICMS Inter. Vamos calculá-lo usando a fórmula abaixo:
Base do ICMS Inter = (Valor do produto + Frete + Seguro + Outras Despesas Acessórias - Descontos) Valor do ICMS Inter = Base ICMS Inter * (Alíquota ICMS Inter / 100)

A próxima etapa do cálculo é encontrar a Base do ICMS ST. Use a fórmula abaixo:
Base do ICMS ST = (Valor do produto + Valor do IPI + Frete + Seguro + Outras Despesas Acessórias - Descontos) * (1+(%MVA / 100))

Outro detalhe importante desta fórmula é a MVA (Margem de Valor Agregado). Ela é a margem de lucro que o governo estima ser aplicada desde o momento que a mercadoria saiu da indústria, contando com a margem do distribuidor e também de quem venderá para o consumidor final. A MVA e IVA são a mesma coisa, sendo IVA o Índice de Valor Adicionado Setorial. Ambos são termos usados para designar a variação de preço de um produto do início ao fim de uma cadeia produtiva. Em alguns estados você vai encontrar a sigla MVA. Em outros, IVA.

A alíquota do ICMS Intra é a alíquota de ICMS aplicada dentro do estado de destino. É a alíquota na qual a empresa que está comprando a mercadoria usaria para vender dentro de seu próprio estado.

Nas operações interestaduais o cálculo da MVA ajustada é o que prevalece. Esse cálculo considera as alíquotas do estado do remetente e do destinatário. Caso as duas sejam iguais não é necessário ajustar a MVA.
Precisamos transformar esses dados em números decimais:
MVA original = 39% = 0,39
Alíquota do remetente = 12% = 0,12
Alíquota do destinatário = 17% = 0,17

O cálculo da MVA ajustada é o seguinte:
[(1 + MVA original) x (1 - alíquota do remetente) ÷ (1 - alíquota do destinatário) - 1] x 100

É importante lembrar que nas operações interestaduais onde o contribuinte substituto seja optante pelo Simples Nacional, não deve ser aplicada a MVA ajustada. Nesses casos, deve-se utilizar a MVA original. 
Outra situação: quando o recolhimento for atribuído ao destinatário e este for optante pelo Simples Nacional, também não deve aplicar a MVA ajustada.

Redução:

Existem muitas situações onde a mercadoria comercializada, ou até mesmo a mercadoria importada, possui redução de base de cálculo do ICMS.
As reduções de bases de cálculo são benefícios fiscais concedidos pelas administrações tributárias, através de atos do Poder Executivo, cujo objetivo é diminuir a carga fiscal de determinados segmentos da economia.
COMO CALCULAR

 Sistemática: 100% dividido pelo percentual da alíquota da operação, o resultado multiplicar pela carga tributária (percentual). O resultado encontrado será o percentual tributado dentro de 100%.

Exemplo:

De 17% para 7% = 100% / 17% = 588, 2352 x 7% = 41, 1765.

Exemplo prático

Em um faturamento de 2.000 bolsas, onde cada bolsa custa 186,00, tributado pela alíquota interna de 17%, deverá ser reduzida a base de cálculo de forma que a carga tributária resulte em um percentual de 7%.

Assim, teremos:

Valor dos produtos = 2.000 x R$ 186,00 = R$ 372.000,00. Base de cálculo do ICMS cheia = R$ 372.000,00

Percentual a tributar de 17% para 7% = 100 / 17% = 588, 2352 x 7% = 41, 1765

Base de cálculo do ICMS cheia = R$ 372.000,00 x 41, 1765% = Base reduzida = R$ 153.176,58

Valor do ICMS = R$ 153.176,58 x 17% = R$ 26.040,00